Me alegra ver que has recuperado una buena parte y espero que siga la tónica, aunque por desgracia hay algunas razones que apuntan a lo contrario. ¿Por qué? Lo mejor es explicar cómo funciona el alojamiento de datos en un disco más o menos para comprenderlo:
El disco dispone en sus primeras pistas de la llamada FAT (File Allocation Table) o Tabla de Ubicación de Ficheros en la que hay una entrada por fichero. En esa entrada figura el nombre, fecha de creación, tamaño... y la dirección física en el disco del primer trocito de ese fichero. Cada trocito de fichero en el disco dispone de los datos y de la dirección física del siguiente trocito. Así se van alojando los datos de un fichero a modo de trenecito con los vagones repartidos por el disco. No es raro que en un disco haya 200.000, 500.000 o más ficheros.
Cuando mueves un fichero de carpeta dentro del mismo disco se hace de manera instantánea porque el fichero no se mueve, sólo se actualiza la nueva dirección lógica en la FAT, la física no cambia.
Cuando borras un fichero también es muy rápido porque sólo se borra la entrada en la FAT y los datos permanecen en el disco. De ahí que puedan ser recuperados por algún programa que reúna cachitos, los complete y cree una entrada en la FAT. Eso es lo que te hace tu programa de recuperación, pero piensa que un fichero borrado tiene a los efectos su dirección física utilizable, de manera que al guardar cualquier archivo pueden caer sus datos encima de cualquier área disponible del disco, sea vacía o sea correspondiente a un fichero borrado.
Si formateamos el disco lo dejamos como la patena y es físicamente imposible recuperar nada. Hablo de formateo completo y no digamos si es a bajo nivel.
Cuando guardamos un fichero -imaginemos un documento de Word- el sistema inicialmente lo aloja en la memoria caché (mucho más rápida que el disco por su velocidad de acceso en nanosegundos en lugar de los milisegundos de un disco) y luego, mientras nosotros seguimos trabajando, lo deja caer en el disco donde sea. El disco va girando a miles de rpm y ese archivo va cayendo por trozos en diferentes zonas del disco: va grabando y cuando no tiene sitio porque viene un sector con datos de otro fichero levanta la cabeza y sigue grabando en otro sitio, reorganizando todo el sistema de direcciones y enlaces de los diferentes trocitos para que haya continuidad cuando lo leamos y no se note que el fichero realmente está partido en muchos trozos.
Cuando todos los ficheros están muy partidos -fraccionados- en muchos cachitos se puede obtener una mejora de rendimiento desfragmentando estos ficheros para que cada uno de ellos esté en un único cacho.
Al cabo de un tiempo trabajando el disco está lleno de cachitos de ficheros y muchos de ellos son de ficheros que se borraron (temporales o no) formando parte de la llamada basura informática, lo que hace muy difícil una recuperación con un alto porcentaje de éxito (aunque no imposible dependiendo de las circunstancias).
Pero ya digo, espero que sigas recuperando datos y que las pérdidas no sean muy relevantes...
¡Suerte!