Hola , primero creo que deberías indicar de que navegador se trata , Garmin , Tomtom ...
Por lo que entiendo, lo más sencillo seria crearte dos rutas , una de ida y otra de vuelta, aunque en una ruta con puntos intermedios , éstos llevan un orden , aunque estén duplicados. Si ésto te da problemas , elige un punto diferente cercano que no coincida con ningún otro.
Personalmente para viajes largos me creo las rutas por tramos, pues evito que el GPS tenga que recalcular toda la ruta de nuevo, cada vez que me desvío de la misma, con tramos más cortos es mucho más rápido.
Saldos